Du müsstest das Skript ausführbar machen, denke ich mir. Im PCManFM geht das mit einem Rechtsklick auf die Datei, dann Eigenschaften und dort das Register Berechtigungen. Da kannst du das einstellen. Anschließend sollte ein Doppelklick genügen.
Falls der doch nicht genügen sollte, würde ich mir eine Desktop-Datei dafür anlegen. Ungefähr so:
[Desktop Entry]
Name=Scanner
Comment=Canon Scanner
Exec=/Pfad/zur/scan.sh
Icon=/Pfad/zum/passenden/Bildchen
Terminal=false
Type=Application
Categories=Graphics;
StartupNotify=false
und diese Datei unter dem Namen scan.desktop im Ordner ~/.local/share/applications speichern. Ab sofort findest du deinen Scanner im Hauptmenü unter „Grafik“.