Hauptsächlich sind es Metapakete, die sich teils gegenseitig ausschließen, so beispielsweise lubuntu-desktop und lxde. Also wenn Du versuchst, lxde zu installieren, soll lubuntu-desktop deinstalliert werden. Vom "Inhalt" der Metapakete abgesehen, also welche eigentlichen Pakete gezogen werden sollen (die kann man natürlich wie jedes Paket auch einzeln installieren), wirst Du kaum einen Unterschied feststellen.
Es gibt einen merkbaren, nämlich im Pfad:
~/.config/lxsession/LXDE/
~/.config/lxsession/Lubuntu/
Wenn Du mit (nach-)installiertem lxde Dein LXPanel konfiguriert hast, dann auf lubuntu-desktop wechselst (oder umgekehrt), wird die Konfiguration an anderer Stelle erwartet.