Wenn du es nicht über die Paketverwaltung, sondern an ihr vorbei installierst, kannst du es auch nicht über die Paketverwaltung entfernen, das sollte einleuchten.
Woher soll die Paketverwaltung denn wissen, welche Dateien es entfernen soll, wenn du ihr das nicht installierte Paket "PenumbraBlackPlagueDemo" mitteilst? Genauso gut könntest du in dem Befehl stattdessen "Paprika" schreiben. Das ist so, als würdest du einen Brief an "Freund" adressieren – der Briefträger wüsste gar nicht, wen du meinst.
In dem Ordner guckst du nach, ob da ein Deinstallationsprogramm liegt (es trüge wahrscheinlich einen Namen wie "uninstall" oder so ähnlich), und führst das gegebenenfalls aus. Wenn nicht, löschst du einfach die Dateien und fertig, denn das Programm scheint ja zentral auf einem Fleck installiert worden zu sein und nicht über mehrere Verzeichnisse verstreut. Root-Rechte wirst du so oder so brauchen, weil du das Spiel unnötigerweise mit ebensolchen installiert hast (sudo in deinem Installationsbefehl).