Hallo kurfra
Eine radikale Möglichkeit ist: Zwei verschiedene Home-Verzeichnisse (die übrigens nicht unbedingt eingenständige Partitionen sein müssen, aber das ist wieder ein anderes Thema), also vollständige Trennung der beiden Installationen bzw. vollständige Dual- oder Multiboot-Installationen. Der grosse Vorteil ist, dass sich dann definitiv nichts mehr in die Wolle kriegt. Der Nachteil: Dann musst dann Du natürlich "sonstwie" dafür sorgen, dass die Home-Verzeichnisse oder allgemeiner gesagt Deine Benutzerdaten synchronisieren. Eine simple Lösung dafür ist ein Skript, denn Du (wenn Du das willst) auch gleich bei jedem Systemstart automatisch durchrattern lassen kannst. Wenn Du nur inkrementell synchronisiert (also nur jeweils die Änderungen einspielst), was ich empfehle, ist die Laufzeit eines solchen Skripts auf einem "normalen" System mit "normaler" Verwendung (ausser beim ersten Mal) kurz. Das Synchronisieren muss unter Umständen bzw. wenn gewünscht auf weitere Dateien ausgedehnt werden (Beispiel: Profile des Mailprogramms, ev. des Browsers, usw.).
Das ist aber nur die Schilderung der von mir bevorzugten Lösung. Es gibt viele verschiedene Möglichkeiten verschiedene *buntus nebeneinander laufen zu lassen. Jede hat Vorteile und Nachteile und deshalb ihre Anhänger und ihre Gegner.
Viel Spass bei den verschiedenen Desktops!
Lg X.