Wie hast du hddtemp denn deinstalliert? Über "sudo apt-get remove hddtemp" oder "sudo dpkg -r hddtemp" oder was gänzlich anderes? Wenn du es händisch gelöscht und nicht deinstalliert hast, sind im System noch Einträge vorhanden. Wenn dem so ist, würde ich an deiner Stelle mit noch einmal per apt installieren ("sudo apt-get install hddtemp") und deinstallieren ("sudo apt-get purge hddtemp").
Wenn du "apt-get --help" eingibst, siehst du ja, welche Kommandos es alle gibt. Wenn du es mit "sudo apt-get remove hddtemp" versucht hast, könnte "sudo apt-get purge hddtemp" das Mittel zur Wahl sein, denn dann werden auch alle Konfigurationsdateien entfernt, die sonst womöglich irgendwo bestehen bleiben würden. Das wäre jedenfalls eine Möglichkeit.
Wenn du das System gebootet hast, kannst du unter /var/log die Datei "syslog" auslesen und nachlesen, was beim Booten passiert ist. Für jeden Systemstart wird eine eigene syslog angelegt; die letzten sieben Sysemstarts kannst du nachlesen. Z.B. geht dies über "less /var/log/syslog". Steuern kannst du das mit den Pfeiltasten für hoch und runter, aber auch mit "g" (Nach oben springen) und "G" (Shift+g --> ans untere Ende des Dokumentes springen). "b" (backward) eine Seite zurück springen, "f" (forward) eine Seite vor springen. Ansonsten mal "less --help" eingeben, da stehen die Kommandos noch einmal.
Vielleicht hilft ja bereits apt oder dpkg; ansonsten mal die Fehlermeldung und relevante Zeilen davor und danach aus dem syslog hier posten; vielleicht sehen wir ja was 
Edit:
"#sudo apt-get install hddtemp" - wer lesen kann ist klar im Vorteil, sry^^
"hddtemp can work as simple command line tool or as a daemon." --> http://linux.die.net/man/8/hddtemp
Da möchte sich also wohl noch der Deamon/Dienst starten, was natürlich nicht gehen kann. Ist unter "/etc/init" Vielleicht eine .conf-Datei von hddtemp vorhanden? Wenn ja, hddtemp installieren und mit purge deinstallieren.