Wenn es wirklich nur darum geht, Datenmassen nach der Installation nicht komplett von einem Backup rückkopieren zu müssen, um Zeit zu sparen, könntest du vielleicht einfach von der /home/-Partition alles löschen was nicht "dazugehört" (die ganzen Einstellungen liegen meist in "versteckten" Ordnern deren Namen mit einem Punkt anfangen, die willst du besser loswerden, wegen inkompatiblen Programmkonfigurationen etc). Dann bei der Ubuntu-Installation mittels manueller Partitionierung die Partition zuweisen, und keinen Haken bei'm Punkt "formatieren" machen. Wenn der Nutzername dann noch anders ist, kannst du (als root) sicher recht schnell (sprich innerhalb der Partition, ohne dass wirklich Blöcke kopiert werden müssen) die Daten in dein neues Nutzerverzeichnis verschieben & chown'en.
Aber vielleicht schreibt besser jemand, der's schonmal so gemacht hat, ob das wirklich so und wie das genau funktioniert, bevor du loslegst. Ich nutze für Massendaten eine extra-Partition, Die bei Bedarf eingebunden wird, und nicht die direkte /home/-Partition, deswegen war bei mir der Bedarf für so eine Lösung noch nie wirklich da.