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Zunächst mal braucht man möglichst viele Infos, am Besten über den NoPaste Service.
sudo lshw
uname -a
cat /etc/X11/xorg.conf
Version des Grafiktreibers, bei neuen nvidia Karten
sudo aptitude show nvidia-glx-new
, aber zeig erst mal was du hast.
Dann stellt sich die Frage, friert wirklich der Kernel ein oder nur X. Aus deiner Fragestellung leite ich mal ab, dass du den Unterschied nicht beurteilen kannst. (korrigier mich, wenn ich falsch liege) Um Probleme zukünftig zu minimieren solltest du den Artikel Notfall lesen.
Dann also zur Frage was überhaupt passiert. Interessant sind folgende Logs um den Zeitraum des Problems.
/var/log/kern.log
/var/log/syslog
/var/log/Xorg.0.log
~/.xsession-errors
Ich gehe mal davon aus andere Unregelmäßigkeiten wie hoher Speicherverbrauch, hohe CPU-Last oder I/O-Last gibt es nicht?