Nur mal so in den Raum geschmissen, aber wenn das mehrere Programme sind, dann macht es eigentlich mehr Sinn, diese themenbasiert über mehrere Desktops zu verteilen und für jeden Desktop einen Shortcut einzurichten. Ich habe zB auf dem ersten Desktop den Browser, dem zweiten das Mailprogramm, dem dritten Musik, dem vierten Texmaker usw.
Einem Desktop kannst Du Programme mit dem superkleinen Devilspie meistens zuweisen (gibt aber "Problemkinder", zB Firefox und Audacious) - aber streng genommen braucht man dafür nicht mal Devilspie. Denn Du kannst auch einmal alle Desktops so einrichten, wie Du willst und Dich dann mit den geöffneten Programmen abmelden und dabei die Sitzung speichern.
Das erfodert aber, dass die Programme immer offen sind, denn werden sie einmal geschlossen und später wieder geöffnet, werden sie auf dem aktuellen Desktop geladen - Devilspie kann sie aber immer auf den richtigen Desktop zwingen, egal wo man was aufruft.