was hast du denn für eine soundkarte? (terminal "cat /proc/asound/cards", "aplay -l", evtl noch "lspci"(onboard/steckkarte) oder "lsusb" (usb-soundkarte), nehmen wir erstmal an, du hast keine firewire-karte...davon hab' ich keinen plan)
normalerweise kann man, für die allermeisten soundkarten, mit einem mixer diverse pegel einstellen. läuft die karte über einen alsa-treiber (nehme ich mal an, sonst würde sie ohne jack (noch) nicht laufen...), ist ein alsa-mixer notwendig, der einfachste ist schon vorinstalliert, und wird im terminal mit dem befehl "alsamixer" gestartet...manche karten haben auch noch ihre eigenen (angepassten) mixer.
bei den standardkarten (hda_intel...) ist oft unter dem "playback"-tab ein pegel für z.b. "line-in" oder auch "mic", vielleicht auch "capture"(regler, nicht tab) oder ähnliches, die sollten die direktdurchgabe vom jeweiligen eingang regeln. die regler unter dem "capture"(aufnahme)-tab regeln dabei meist nicht die direktwiedergabe, sondern den pegel der aufnahme.
sollten da nicht die passenden regler sein, hast du grosses pech mit dem alsa-treiber; sollten deine änderungen im alsamixer von pulseaudio übergangen werden, hilft entweder beschäftigen mit pulse (ja, ich weiss..._nicht! ;-P), oder beenden von pulseaudio, und arbeiten mit alsa (ersteres wieder nicht mein gebiet).
zur not, wenn deine soundkarten-treiber-kombination keine direktwiedergabe der eingänge unterstützt, kann man mit jack, teilweise auch mit onboard-karten, eine durchaus direkte softwarewiedergabe erreichen. jedenfalls so, dass die verzögerung (latenz) nicht mehr wirklich stört (und man kann noch effekte zwischenschalten). ist aber bisschen glückssache...