Bei Rdesktop fehlt seit vielen Jahren eine saubere Unterstützung für linkshändige Bedienung (Left handed mouse support). Ab Ubuntu 12.04 gibt es zwar Remmina welches mit FreeRDP einen aktuellen Fork von Rdesktop nutzt. Dort werden die Einstellungen der Maustasten aus dem Ubuntu-Desktop zwar sauber in die Windows-RDP-Sitzung durchgereicht, nur hat FreeRDP massive Problem mit der Zwischenablage. Man kann also Copy and Paste nicht zwischen Ubuntu und dem Windows-PC nutzen.
Hier meine pragmatischen Lösung für Leidensgenossen:
Download der Quellen von http://rdesktop.sourceforge.net/#download
Entpacken von rdesktop-1.8.0.tar.gz
Mit einem Editor die Datei xkeymap.c öffnen und die beiden Werte MOUSE_FLAG_BUTTON1 und MOUSE_FLAG_BUTTON2 tauschen (Also nur die Zahlen 1 und 2).
Danach kompilieren mit ./configure, make und sudo make install.
Schließlich sind die Maustasten (Rechts und Links) in jeder Windows-RDP-Session vertauscht und man kann obendrein die Zwischenablage vernünftig nutzen.