Denn Befehl habe ich sonst fast immer auch so genommen "sudo apt-get update && sudo apt-get dist-upgrade"macht meines Wissens nur eine Pflege der Sicherheitsabdates und aktualisiert das System. Ein Autoremove hat trotzdem ein paar alte Pakete gelöscht. Kann sein das da was in der Muon-Paketverwaltung durch einander geraten ist. Auch habe ich vorher alte Programme deinstalliert. Da bleiben als alte Pakete (libraries) hängen. Das könnte auch der Grund sein. Ein "apt-get autroremove" schadet eigentlich nicht.
Wenn ein Paket nicht mehr vom System gebraucht wird ist es doch ungenutzt, außer User Programmteile das kann ja nur der Benutzer entscheiden..