Hallo Calix,
ich weiß es nicht genau, aber möglicherweise kann Caffeine auch den Bereitschaftsmodus deaktivieren.
Ansonsten kannst du bei Verwendung der pm-utils einen sogenannten "Hook" erstellen, dass die Detektion übernimmt. Das ist allerdings etwas Bastelarbeit.
Viele Grüße
Vej
EDIT:
Ich habe noch etwas über den zweiten Fall nachgedacht, deshalb hier einige Hinweise:
Es reicht angeblich innerhalb des Hooks exit 0
aufzurufen, um den Bereitschaftsmodus abzubrechen (Quelle: Askubuntu).
Du solltest eine niedrige Nummer wählen, damit keine Prozesse von anderen Hooks beendet wurden, die wegen dem fehlenden Resume ("Aufwachen") nicht neu gestartet werden.
Ansätze um ein laufendes Backup zu erkennen, wären die Filterung der Prozessliste (mittels ps) und die Beobachtung von ~/.cache/deja-dup/tmp
(wobei letzteres auch in den ersten und den letzten Sekunden eines Backups keine Daten enthält).