Ich hatte gerade das selbe Problem.
Das Home Verzeichnis Verschlüsselt (jedoch nicht nachträglich, sondern von Installation aus), und heute nach einem etwas seltsamen Neustart waren alle Standardordner im Home-Verzeichnis auf einmal Leer!
Nach einiger Zeit hab ich dann bemerkt dass sie doppelt vorhanden waren und von Nautilus der jeweils leere angezeigt wurde.
Lösung: Unter /home/username/.Private/ waren die Ordner ebenfalls unverschlüsselt vorhanden (neu erstellt worden). Alle Dateien und Ordner die nicht mit "ECRYPTFS" anfangen löschen, ab- und wieder anmelden. Fertig.