Vielleicht kann da jemand mehr zu sagen, der Ubuntu aktuell benutzt. Ich kann das leider nicht selber ausprobieren, da ich kein Ubuntu besitze. Ich vermute aber, dass das mit den 32bit-Libraries ein Problem sein könnte.
EDIT: Es scheint sich um ein Problem zu handeln, dass auch mit Doom 3 auftritt. Durchsucht man das Netz nach beispielsweise ...
ubuntu libGL.so.1 idRenderSystem::Shutdown
...findet man diverse Lösungsansätze. In der Regel drehen sie sich darum, Kernelupdates zu installieren (so sie vorhanden sind), den Grafikkartentreiber neu zu installieren oder aber die (fehlenden) 32bit-Lobraries nachzuinstallieren. Hast du nach dem fglrx-Update einen Neustart gemacht?