DrKlose
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: Zähle...
|
Hallo,
ich bin Neuling bei Linux und habe gleich eine recht schwere Aufgabe und hoffe Ihr könnt mit weiterhelfen. Will das folgende installieren GNU-R, in der aktuellen Version habe ich das auch hinbekommen - will R aber in Genepattern (http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/administrators-guide#using-the-r-installer-plug-in) nutzen, dafür braucht man die Version 2.5.1 die es nicht als binary release gibt. Habe also mit der Anleitung https://wiki.ubuntuusers.de/R versucht die folgende source http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.5.1.tar.gz zu kompilieren - leider ohne Erfolg, es wird keine Makefile Datei erzeugt. Folgendes habe ich gemacht: - die R-2.5.1.tar.gz habe ich in das Verzeichnis /usr/local/lib kopiert und entpackt über tar -xzvf
- dann im Verzeichnis R-2.5.1 folgendes gemacht sudo ./configure --prefix=/usr/local/bin --enable-R-shlib --with-tcltk Hier scheint der Fehler zu passieren, da entsprechende Log habe ich angefügt - kann das jemand interpretieren? bin total überfragt. Wäre klasse, Danke! Rechte sehen wie folgt aus drwxrwxr-x 4 karin staff 4096 Apr 17 2014 python2.7
drwxrwxr-x 3 karin staff 4096 Apr 17 2014 python3.4
drwxr-xr-x 10 karin karin 4096 Jul 30 17:43 R-2.5.1
-rwxrw-r-- 1 karin karin 15224643 Jul 30 17:28 R-2.5.1.tar.gz -rwxr--r-- 1 karin karin 0 Sep 4 2006 ChangeLog
-rw-r--r-- 1 root root 64027 Jul 30 17:43 config.log
-rwxr--r-- 1 karin karin 9032 Nov 10 2006 config.site
-rwxr-xr-x 1 karin karin 1777684 Jun 26 2007 configure
-rwxr--r-- 1 karin karin 74682 Jun 26 2007 configure.ac
-rwxr--r-- 1 karin karin 18011 Sep 4 2006 COPYING
drwxr-xr-x 4 karin karin 4096 Jun 28 2007 doc
drwxr-xr-x 2 karin karin 4096 Jun 28 2007 etc
-rwxr--r-- 1 karin karin 1747 Sep 4 2006 INSTALL
-rwxr-xr-x 1 root root 214452 Jul 30 17:43 libtool
drwxr-xr-x 2 karin karin 4096 Jun 28 2007 m4
-rwxr--r-- 1 karin karin 4065 Mär 28 2007 Makeconf.in
-rwxr--r-- 1 karin karin 12367 Mai 21 2007 Makefile.in
-rwxr--r-- 1 karin karin 226021 Jun 27 2007 NEWS
-rwxr--r-- 1 karin karin 315629 Sep 4 2006 ONEWS
-rwxr--r-- 1 karin karin 103957 Sep 4 2006 OONEWS
drwxr-xr-x 2 karin karin 4096 Jun 28 2007 po
-rwxr--r-- 1 karin karin 3922 Sep 4 2006 README
drwxr-xr-x 10 karin karin 4096 Jun 28 2007 share
drwxr-xr-x 12 karin karin 4096 Jun 28 2007 src
-rwxr--r-- 1 karin karin 46 Jun 28 2007 SVN-REVISION
drwxr-xr-x 5 karin karin 4096 Jun 28 2007 tests
drwxr-xr-x 2 karin karin 4096 Jun 28 2007 tools
-rwxr--r-- 1 karin karin 6 Jun 28 2007 VERSION Hoffe habe hier nix kaputt gemacht, habe nämlich wie unter https://help.ubuntu.com/community/CompilingEasyHowTo beschrieben noch folgendes gemacht sudo chown $USER /usr/local/lib
sudo chmod u+rwx /usr/local/lib dann schienen mir (hier karin) rechte zu fehlen und habe versucht das zu korrigieren. Moderiert von jug: Thema in einen passenderen Forenbereich verschoben. Bitte beachte die als wichtig markierten Themen (Welche Themen gehören hier her und welche nicht?) in jedem Forenbereich. Danke.
- config.ksh (62.5 KiB)
- Download config.ksh
|
DrKlose
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: 8
|
Hallo, wieso ist mein Beitrag gemeldet? Was habe ich falsch gemacht? Danke!
|
user_unknown
Anmeldungsdatum: 10. August 2005
Beiträge: 17548
Wohnort: Berlin
|
DrKlose schrieb: Folgendes habe ich gemacht: - die R-2.5.1.tar.gz habe ich in das Verzeichnis /usr/local/lib kopiert und entpackt über tar -xzvf
Normalerweise baut man solche Pakete eher in einem Ordner unter /home/karin und installiert nur nach /usr/local ...
- dann im Verzeichnis R-2.5.1 folgendes gemacht sudo ./configure --prefix=/usr/local/bin --enable-R-shlib --with-tcltk
Stand das irgendwo? ./configure führt man normal als User ohne sudo aus, ebenso make. Nur 'make install' per sudo, und dann muss man auch nicht an den Rechten in /usr/local rumpfuschen.
sudo chown $USER /usr/local/lib
sudo chmod u+rwx /usr/local/lib
dann schienen mir (hier karin) rechte zu fehlen und habe versucht das zu korrigieren.
Tja - wenn die Rechte fehlen, dann meist aus einem Grund.
|
DrKlose
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: 8
|
Danke für die schnelle Rückmeldung, die Befehle habe ich alle von der Seite https://wiki.ubuntuusers.de/R Wenn ich es über folgenden Befehl starte klappt es auch (sogar in beiden Verzeichnissen) ./configure --prefix=/usr/local/bin --enable-R-shlib --with-tcltk --with-x=no nur ist mir nicht klar, was die Option --with-x=no bedeutet - wird mir das später fehlen? Starte ich es wie folgt ./configure --prefix=/usr/local/bin --enable-R-shlib --with-tcltk erhalte ich immer den Fehler configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available Habe schon diverse Pakete installiert, leider immer der gleiche Fehler. sudo apt-get build-dep r-base
sudo apt-get update
sudo apt-get install libx11-dev Kann es daran liegen, dass ich mit einem 64-bit System arbeite? Kennt jemand eine Quelle für eine kompiliertes Paket von R-2.5.1? Danke!
|
DrKlose
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: 8
|
Noch eine Idee von mir, habe die Datei r-base-core_2.5.1-1_amd64.deb Hier gefunden ftp://ftp.cn.debian.org/ubuntu-old-releases/ubuntu/pool/universe/r/r-base/r-base-core_2.5.1-1_amd64.deb r-base_2.5.1-1_all.deb Hier gefunden ftp://ftp.intern.hosteurope.de/mirror/old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/r/r-base/r-base_2.5.1-1_all.deb r-recommended_2.5.1-1_all.deb Hier gefunden ftp://ftp.intern.hosteurope.de/mirror/old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/r/r-base/r-recommended_2.5.1-1_all.deb So wie ich das verstehe kann ich die in UBUNTU einfach durch Doppelklick installieren - oder? Aber nur die r-base-core Datei ist mehrere MB die anderen nur wenige KB, kann das stimmen? Danke nochmal!
|
track
Anmeldungsdatum: 26. Juni 2008
Beiträge: 7174
Wohnort: Wolfen (S-A)
|
Hi Karin, (nehme ich mal an) erstmal herzlich willkommen hier auf dem Forum ! DrKlose schrieb: ./configure --prefix=/usr/local/bin --enable-R-shlib --with-tcltk --with-x=no nur ist mir nicht klar, was die Option --with-x=no bedeutet - wird mir das später fehlen?
Damit wird wohl der X-Server gemeint sein, also die graphische Oberfläche. (bzw, die Anbindung dafür) Starte ich es wie folgt ./configure --prefix=/usr/local/bin --enable-R-shlib --with-tcltk erhalte ich immer den Fehler configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available
Genau: X11 ist die grafische Oberfläche (aka "Fensterchen") - offenbar fehlen ihm dafür die nötigen dev-Pakete (→ Entwicklerpakete, sie enthalten die header usw.)
Habe schon diverse Pakete installiert, leider immer der gleiche Fehler. sudo apt-get build-dep r-base
sudo apt-get update
sudo apt-get install libx11-dev Kann es daran liegen, dass ich mit einem 64-bit System arbeite?
Etwas vergleichbares habe ich auf stack overflow gefunden. Allerdings bin ich mir nicht sicher, ob das für ein 64-Bit System auch so stimmt. (da bin ich nicht sattelfest.) Notfalls könnte man natürlich mal zu Fuß in den make-Dateien gucken, welche Pakete er denn nun wirklich haben will. Ist zwar etwas mühselig, aber immer noch besser als stochern im Nebel. LG, track
|
DrKlose
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: 8
|
Erstmal danke für die Hinweise - habe nun UBUNTU in der 32-bit Version installiert und konnte nun mit dem Befehl | ./configure --x-includes=/usr/X11/include --x-libraries=/usr/X11/lib
|
installieren. Kann nun leider nicht sagen ob es am Wechsel von 64-bit zu 32-bit liegt oder den neuen Parametern, aber okay es geht und 32-bit Ubuntu kann ja auch meine 6GB Arbeitsspeicher nutzen. Wenn ich nun aber mache, erhalte ich den folgenden Fehler comparing 'method-dispatch.Rout' to './method-dispatch.Rout.save' ... OK
running code in 'd-p-q-r-tests.R' ...make[3]: *** [d-p-q-r-tests.Rout] Fehler 1
make[3]: Verzeichnis »/home/karin/Downloads/R-2.5.1/tests« wird verlassen
make[2]: *** [test-Specific] Fehler 2
make[2]: Verzeichnis »/home/karin/Downloads/R-2.5.1/tests« wird verlassen
make[1]: *** [test-all-basics] Fehler 1
make[1]: Verzeichnis »/home/karin/Downloads/R-2.5.1/tests« wird verlassen
make: *** [check] Fehler 2 trotzdem kann in dann R installieren mit und auch einfache Operationen und Plots ausführen. Trotzdem habe ich Sorge, dass ich ggf falsche Ergebnisse bekommen. Der Fehler im Detail sieht wie folgt aus > ## PR#7099 : pf() with large df1 or df2:
> nu <- 2^seq(25,34, 0.5)
> y <- 1e9*(pf(1,1,nu) - 0.68268949)
> stopifnot(All.eq(pf(1,1,Inf), 0.68268949213708596),
+ diff(y) > 0, # i.e. pf(1,1, *) is monotone increasing
+ All.eq(y [1], -5.07420372386491),
+ All.eq(y[19], 2.12300110824515))
Error: All.eq(y[1], -5.07420372386491) is not TRUE
Execution halted Kann mir jemand einen Rat geben? Danke!
|
Merkurtransit
Anmeldungsdatum: 30. Juni 2011
Beiträge: 60
|
Hallo Karin(?), ich habe mal versucht, dein Problem zu analysieren und hoffe dir ein wenig weiter helfen zu können.
Mein Testsystem ist – genauso wie bei dir ursprünglich – Ubuntu 14.04 LTS (64 bit). Zur Installation von R-2.5.1 bin ich nach dem Download und entpacken von R-2.5.1.tar.gz (mittels tar -xzvf R-2.5.1.tar.gz) wie folgt (erfolgreich) vorgegangen (in der Bash):
| sudo apt-get install libreadline-dev #damit „error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available“ beim Konfigurieren nicht erscheint
./configure --prefix=/home/uranus/Downloads/Test_R --enable-R-shlib --with-tcltk --with-readline=yes --with-x=no
make rhome=/home/uranus/Downloads/Test_R/R-2.5.1 #R kompilieren
make check #Tests durchlaufen, sollte nicht Fehlern führen
|
Diese Installation arbeitet bei mir scheinbar ohne Probleme, nur Plots können nicht in einem Fenster angezeigt werden, da R-2.5.1 nicht mit den X11-Bibliotheken in Ubuntu 14.04 klar kommt. Dies ist auch der Grund weshalb beim Konfigurieren „--with-x=no“ angegeben werden muss. Normalerweise würde es genügen, mittels
| sudo apt-get install xorg-dev
|
die X11-Bibliotheken zu installieren und dann ./configure mit --with-x=yes auszuführen. Dass dies wirklich geht, habe ich mit der neueren R-Version 2.15.3 getestet. Weil aber R-2.5.1 schon acht Jahre alt ist, vermute ich, dass es mit den aktuellen X11-Libs einfach nicht zusammen arbeiten kann. Da du aber R im Zusammenhang mit GenePattern verwenden willst, vermute ich, dass du die Anzeige von Plots in einem Fenster gar nicht benötigst, sondern die Plots nur als Dateien brauchst. Somit sollte es also nicht weiter schlimm sein, dass R diese Funktion nicht besitzt. Wichtig ist dagegen, dass du die libreadline-dev installierst. Ich weiß zwar nicht genau, was diese Lib macht, aber sie scheint wichtig zu sein, um keine unnötigen Schwierigkeiten bei der Eingabe von R-Befehlen in der Kommandozeile zu bekommen. Wenn du R systemweit installieren willst, musst du natürlich bei ./configure in --prefix einen anderen Pfad angeben (z.B. /usr/local/bin) und musst nach
noch
ausführen. An deinem Versuch, R in einem 32-bit-Ubuntu zu installieren, macht mich etwas skeptisch, dass
auf Fehler läuft. Dies bei meiner 64-bit-Installation nicht der Fall.
Wenn ich dein kurzes R-Beispielskript ausführe, erhalte ich statt eines Errors auch eine sinnvollere Meldung:
| > nu <- 2^seq(25,34, 0.5)
> y <- 1e9*(pf(1,1,nu) - 0.68268949)
> stopifnot(All.eq(pf(1,1,Inf), 0.68268949213708596),
+ diff(y) > 0, # i.e. pf(1,1, *) is monotone increasing
+ All.eq(y [1], -5.07420372386491),
+ All.eq(y[19], 2.12300110824515))
Fehler in stopifnot(All.eq(pf(1, 1, Inf), 0.682689492137086), diff(y) > :
konnte Funktion "All.eq" nicht finden
>
|
Sieht also so aus, als fehle ihm lediglich die Funktionsdefinition von „All.eq“. Ich habe R kurz angetestet, indem ich einige der Demos in R aufgerufen habe, z.B.
| > demo("recursion", package="base")
|
Dabei konnte ich keine Probleme feststellen (Außer eben, dass keine Fenster mit Plots geöffnet werden können, was ich aber (wenn auch unfreiwillig) so konfiguriert hatte, siehe oben). Vielleicht konnte ich dir etwas weiterhelfen.
|
DrKlose
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: 8
|
Hallo,
toll, Danke für Deine ganze Mühe - habe nun auch noch mal die 64-bit Version installiert und siehe da mit | ./configure --x-includes=/usr/X11/include --x-libraries=/usr/X11/lib
|
klappt es wunderbar und läuft ohne Fehler durch. habe ich dann auch gemacht und das installiert R in das default verzeichnis auch ohne dass man vorher mit "--prefix=" ein Verzeichnis angegeben hat. Denke mal er nimmt auch schon bei .configure den default-Pfad. Bei mir klappt mit den obigen Parametern für ./configure auch das Plotten, z.B. für | demo("recursion", package="base")
|
Siehe dazu auch den Anhang. Dein Fehler Fehler in stopifnot(All.eq(pf(1, 1, Inf), 0.682689492137086), diff(y) > :
konnte Funktion "All.eq" nicht finden ist auch ein anderer als bei mir unter 32-bit, der war ja Error: All.eq(y[1], -5.07420372386491) is not TRUE Die Erklärung habe ich hier erhalten http://forum.r-statistik.de/viewtopic.php?f=13&t=6733 und zwar
Also - ich rechne mit der etwas aktuelleren Version 3.2.1 unter Windows 7 (64 bit).
Die Funktion All.eq kenne ich nicht und habe ich auch nicht gefunden.
Ich gehe mal davon aus, dass sie dasselbe getan hat, wie es jetzt all.equal tut...
Verstehe das so, dass die Funktion All.eq in späteren R-Versionen durch all.equal abgelöst wurde. Wie auch immer, alles sehr verwirrend - aber danke für Deinen Input, habe nun ein gutes Gefühl, dass R bei mir korrekt arbeitet, obwohl viele von der alten Version abraten.
- Bilder
|
Merkurtransit
Anmeldungsdatum: 30. Juni 2011
Beiträge: 60
|
Tatsächlich:
Nach der Installation von xorg-dev mittels
| sudo apt-get install xorg-dev
|
und Konfiguration mittels
| ./configure --x-includes=/usr/X11/include --x-libraries=/usr/X11/lib
|
können auch die Plots in Fenstern erzeugt werden. Ich weiß zwar nicht, warum „All.eq“ nicht läuft, aber ich kenne mich mit R auch nicht aus, da können andere sicher mehr zu sagen. Aber die Installation scheint nun korrekt zu sein.
Wie auch immer, alles sehr verwirrend - aber danke für Deinen Input, habe nun ein gutes Gefühl, dass R bei mir korrekt arbeitet, obwohl viele von der alten Version abraten.
Freiwillig würde sicher niemand eine derart alte R-Version verwenden, aber in diesem Fall wird sie ja explizit benötigt. Außerdem kannst du ja nun sehr leicht auch beliebige weitere neuere R-Versionen parallel installieren, da du nun weißt, wie es geht. Wenn jetzt noch Fehler in R auftauchen, dann sind wohl eher Bugs in R oder Bedienungsfehler. Und gegen erstere kannst du (jedenfalls ohne Weiteres) nichts machen.
Da du dir zum Start mit Ubuntu gleich ein sehr schwieriges Problem vorgenommen hast, hoffe ich, dass du trotzdem nicht allzu verwirrt bist und künftig mehr Spaß am System haben wirst ☺ PS: Falls du keine weiteren Fragen mehr zu Installation von R-2.5.1 hast, setzte diesen Thread doch bitte auf „gelöst“.
|
rklm
Projektleitung
Anmeldungsdatum: 16. Oktober 2011
Beiträge: 12801
|
Merkurtransit schrieb:
PS: Falls du keine weiteren Fragen mehr zu Installation von R-2.5.1 hast, setzte diesen Thread doch bitte auf „gelöst“.
M.E. sollten aber noch die Rechte von /usr/local/lib zurück gesetzt werden. Und eigentlich sollte man die Dateien vom Build-Prozess und die ausgepackten Quellen aus /usr/local/lib herausnehmen. Das wird jetzt zwar mühselig, falls sie nicht in einem Unterordner liegen, aber ich würde definitiv /usr/local/lib nicht mit Rechten des Anwenders lassen. Erst Dateien aufräumen. Vermutlich liegt in dem Verzeichnis, das das Makefile enthält, auch irgendwo noch eine Datei, die die Namen der installierten Dateien enthält, die make install kopiert hat. Die lohnt es vorher zu sichern, damit man die Installation nachher rückgängig machen kann. Meist ist der Name so etwas wie ".installed" o.ä., kann also eine verborgene Datei sein. Das könnte recht einfach sein, wenn Du alles als "karin" gemacht hast. Dann hast Du zwei Möglichkeiten: Du löscht alles in /usr/local/lib, was Nutzer "karin" gehört. Du löscht alles in /usr/local/lib, was nicht "root" gehört.
Ich würde den ersten Ansatz nehmen, weil das Kriterium restriktiver ist. Für beide erst ein Testlauf, der nichts ändert: | find /usr/local/lib ! -path /usr/local/lib -user karin
find /usr/local/lib ! -path /usr/local/lib ! -user 0
|
Falls Du in der Ausgabe etwas entdeckst, das nicht zu R gehört, oder sonstwie Zweifel hast, dann nicht weiter machen! Sonst hängst Du ein "-delete" hinten an (je nach Ansatz): | find /usr/local/lib ! -path /usr/local/lib -user karin -delete
find /usr/local/lib ! -path /usr/local/lib ! -user 0 -delete
|
Anmerkung: wenn Du wirklich die Dateien aller anderen Nutzer als "root" löschen willst, musst Du ein sudo vor die zweite Kommandozeile setzen. Danach müsste man damit den Ursprungszustand der Rechte wieder hergestellt bekommen: | sudo chmod -c 755 /usr/local/lib
sudo chown -c root:root /usr/local/lib
|
Das "-c" ist nur zur Kontrolle da, damit man sieht, dass geändert wurde. Im Zweifel erst mal nicht löschen und lieber ein Mal mehr nachfragen!
|
DrKlose
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: 8
|
Hallo, danke für den Hinweis,da ich aber mittlerweile Ubuntu 2x neu installiert habe, ist das Aufräumen hinfällig. Jetzt geht es aber weiter, nachdem nun R-2.5.1 läuft muss ich auch R-2.5.13 installieren. Eine Idee wie das geht habe ich schon, bin mir aber nicht zu 100% sicher, hier fehlen mir ein paar Hintergründe zum Dateisystem in Linux. Hoffe Ihr könnt mir auch hier weiterhelfen?! Also dann gibt es aber auch noch das Verzeichnis /usr/local/lib64/R Wären das nun die richtigen Befehle um R-2.5.13 parallel zu installieren? | ./configure --prefix=/usr/local/lib64
make rhome=/usr/local/lib64/R-2.15.3
make check
sudo make install
|
In Beispiel unten stand ja | ./configure --prefix=/home/uranus/Downloads/Test_R --enable-R-shlib --with-tcltk --with-readline=yes --with-x=no
make rhome=/home/uranus/Downloads/Test_R/R-2.5.1 #R kompilieren
make check #Tests durchlaufen, sollte nicht Fehlern führen
|
Danke!
|
rklm
Projektleitung
Anmeldungsdatum: 16. Oktober 2011
Beiträge: 12801
|
DrKlose schrieb: Hallo, danke für den Hinweis,da ich aber mittlerweile Ubuntu 2x neu installiert habe, ist das Aufräumen hinfällig.
Fein. Das macht es leichter.
Jetzt geht es aber weiter, nachdem nun R-2.5.1 läuft muss ich auch R-2.5.13 installieren. Eine Idee wie das geht habe ich schon, bin mir aber nicht zu 100% sicher, hier fehlen mir ein paar Hintergründe zum Dateisystem in Linux.
Also, wenn Du mehrere Versionen parallel installieren willst, dann würde ich das so machen, dass ich jede in ihr eigenes Verzeichnis unterhalb eines gemeinsamen Basisverzeichnis installieren würde und dann ggf. noch Symlinks für die aktuelle Version setzen. Z.B. /usr/local/lib/R/R-2.5.1
/usr/local/lib/R/R-2.5.13
/usr/local/lib/R/default -> R-2.5.13 Dann ggf. noch Links /usr/local/bin/R → /usr/local/lib/R/default/bin/R (oder wo das Binary dann liegt). Vielleicht kannst Du auch das Alternativen-System für den Zweck nutzen. Ich weiß allerdings nicht, ob das auch für Installationen funktioniert, die nicht aus Paketen kommen.
|
DrKlose
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 30. Juli 2015
Beiträge: 8
|
Hallo rklm,
das hört sich nach einem guten Plan an - bin aber unsicher wie genau die Befehle bei der Installation dann aussehen müssten. Könntest Du mir freundlicherweise ein Beispiel machen? Wäre toll, Danke! Meine Idee war ja | ./configure --prefix=/usr/local/lib64
make rhome=/usr/local/lib64/R-2.15.3
make check
sudo make install
|
|
rklm
Projektleitung
Anmeldungsdatum: 16. Oktober 2011
Beiträge: 12801
|
DrKlose schrieb: Hallo rklm,
das hört sich nach einem guten Plan an - bin aber unsicher wie genau die Befehle bei der Installation dann aussehen müssten. Könntest Du mir freundlicherweise ein Beispiel machen? Wäre toll, Danke!
Ungefähr so 1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12 | sudo mkdir -p /usr/local/lib/R/R-2.5.1
sudo mkdir -p /usr/local/lib/R/R-2.5.13
sudo ln -s R-2.5.13 /usr/local/lib/R/default
cd /wo/auch/immer/quellen-von-R-2.5.1
./configure --prefix=/usr/local/lib/R/R-2.5.1
make ...
sudo make install
cd /wo/auch/immer/quellen-von-R-2.5.13
./configure --prefix=/usr/local/lib/R/R-2.5.13
make ...
sudo make install
sudo ln -s /usr/local/lib/R/default/bin/R /usr/local/bin/R
|
Die Pfade zu den Quellen musst Du natürlich anpassen.
Meine Idee war ja | ./configure --prefix=/usr/local/lib64
make rhome=/usr/local/lib64/R-2.15.3
make check
sudo make install
|
Ich weiß jetzt nicht, wofür das "rhome" ist. Ich hätte jetzt gesagt, das wird durch --prefix schon gesetzt, aber dafür müsste man im Detail die Doku studieren.
|