Möglicherweise hast Du es Dir unnötig kompliziert gemacht?
Deine Support-Anfrage war mir Anstoß, mir endlich auch R zu installieren (da mir sowieso ein kleines R-Skript vorliegt, dass ich schon lange einmal ausprobieren wollte). Bei der Gelegenheit habe ich aus Neugier gleich auch den R-Commander mitinstalliert. Alles unter Lubuntu Trusty aus den offiziellen Paketquellen:
sudo apt-get install r-base r-recommended r-base-dev r-cran-rcmdr
Beim ersten Aufruf des R-Commanders in der R-Shell wurden tatsächlich diverse fehlende R-Pakete moniert – die mir aber nach Auswahl eines CRAN-Spiegelservers automatisch und ohne Fehlerausgabe heruntergeladen und kompiliert wurden (einschließlich sem!).
Kann es sein, dass Du r-base-dev nicht installiert hattest, wie es verschiedentlich im Netz angeraten wird? Die Entwicklungsumgebung wird wohl, wenn ich die Ausgaben während der Kompilierung von sem richtig interpretiere, zumindest wegen des Fortran-Compilers benötigt:
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g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o RcppEigen.so RcppEigen.o RcppExports.o fastLm.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
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