Wenn du unter Linux keine für Linux geschriebene Software installieren und ausführen willst, weil du darin fälschlicherweise ein Sicherheitsrisiko vermutest, bist du bei Linux ehrlich gesagt falsch.
Die Warnungen vor Fremdpaketen haben wir aus zwei Gründen: Viele Windows-Benutzer sind es gewohnt, sich den letzten Müll aus den hinterletzten unvertrauenswürdigen Ecken des Internets herunterzuladen, zu installieren und (unter Windows XP sogar mit Administratorrechten) auszuführen. Unter Ubuntu ist die allermeiste Software bereits in den offiziellen, geschützten Paketquellen enthalten. Zweitens neigen auch viele Ubuntu-Benutzer dazu, sich ihr System mit Fremdpaketen zuzumüllen, und wundern sich dann, dass irgendwann Konflikte auftreten, und das kann auch mit Software von überhaupt nicht böswilligen Entwicklern und Paketierern passieren. – Wir wollen damit nicht sagen, dass man niemals Software von außerhalb der Paketquellen installieren sollte, wenn es sinnvoll ist, sonst würden wir ja keine Anleitungen dazu schreiben, wie man das macht. Sieh es einfach als Hinweise, wie sie auch jeder Kaffeemaschine beigefügt werden: Wenn du das Ding aufschraubst, und es geht etwas schief, bist du halt selber schuld.
So, kurz: Wine kannst du beruhigt ausführen, aber eher nicht HOTGIRLS24.EXE oder 674367436743.EXE, sondern Originalsoftware. Wenn es aber Linux-Pendants gibt, ist die Benutzung der Windows-Programme in jeder Hinsicht Blödsinn. Kompilieren ist nicht gefährlich, auch installieren nicht – solange du nicht in Windows-Manier deine Software von Megaupload beziehst, sondern vertrauenswürdige Quellen hast, und die ursprünglichen Entwickler einer Software, die es bis in die offiziellen Ubuntu-Paketquellen schafft, halte ich für ausreichend vertrauenswürdig.
Eine Anpassung des Wiki-Artikels halte ich darum nicht für notwendig.
Ich hoffe, damit endgültig alle Fragen beantwortet zu haben – bei weiteren Fragen muss hier wirklich von der Artikel-Diskussion abgetrennt werden!