Ich hab jetzt nochmal einige Versuche gemacht: Die Änderungen von Synaptic stehen zwar als Apt-Pinning in der Datei /var/lib/synaptic/preferences, müssten aber in Datei/ Ordner /etc/apt/preferences(.d/...) stehen. Demzufolge wirkt das Pinning hier somit, wie der Ordnername synaptic schon sagt, nur unter Synaptic, also NUR wenn du ab jetzt IMMER damit installierst UND Aktualisierungen einspielst (über "Neu laden" + Alle Aktualisierungen vormerken + Anwenden). Ansonsten müsstest du doch nach Apt-Pinning vorgehen!
Du könntest stattdessen nun aber auch einfach die Datei an ihren richtigen Ort verschieben und so umbenennen:
sudo mv /var/lib/synaptic/preferences /etc/apt/preferences.d/preferredversions
Der Aufbau und Inhalt ist derselbe - du kannst sie dir also mal angucken, damit du weißt, wie es hätte aussehen müssen - zumindest ein Gefühl dafür bekommst. Name und Version sind selbsterklärend - die Priorität ist dann einfach 1001 statt 1000, also höchste. Also hat diese Version Vorrang und bleibt.
Das Verschieben ist sicherlich für viele etwas einfacher als sie per Hand anzulegen. Und solange es weiterhin so funktionieren wird...
Grüße, Benno