Hinweis: Software Problembehebung → bei MATE sind dessen Konfigurationen im gconf-editor aufrufbar, aber wahrscheinlicher ist, dass Überreste von Unity Probleme machen, also im dconf-editor. Dort Panel suchen, ansehen oder zurücksetzen. Zur Not den ganzen Ordner .config/dconf umbenennen - evtl. erst mal nur testweise. Dann fehlen auch die Einstellungen mancher Gnome3-Programme unter MATE.
Ich weiß nicht, welche da schon so auftauchen oder verhindert wurden und ob da für dich wichtige Einstellungen sind. Aber wenn es an dem Ordner lag (neu einloggen und testen!), dann kannst du ja im dconf-editor weitersuchen, welche Einstellungsbäume/ Unterbäume (Ordner) es sind, um so viele wie mögliche Einstellungen erhalten zu können - die dürften es aber nicht wert sein, wenn du nun viele MATE-Programme nutzt, aber ok, es gibt schon sehr viele gemeinsame Programme...