Genau, es gehen nur die Aufzeichnungen von Zeitgeist verloren, nicht deine persönlichen Dateien, die du in Home speicherst (das meintest du wahrscheinlich mit "Dateien an sich"). Diese Löschung betrifft ja nur den Ordner Zeitgeist in ~/.local/share/. Deine Dateien (die du übrigens ohnehin immer regelmäßig sichern solltest) gehen dabei nicht verloren, denn die liegen ja in ganz anderen Verzeichnissen außerhalb von /.local/.
Trotzdem würde ich als ersten Schritt zunächst Rhythmbox wieder installieren und darin deinen Musikordner einlesen. Wie gesagt, ich kenne die Verzahnung zwischen Rhythmbox und der Dash nicht, aber vielleicht ist es ja ähnlich zu Shotwell.