Bei mir läuft BattleNet / WoW immer noch in nem 32Bit-Prefix, weil es dort funktioniert, daher bin ich erstmal zufrieden. Eine Möglichkeit den Prefix umzustellen habe ich nicht gefunden, und mich nicht mehr weiter damit beschäftigt.
Was ich getan habe, um an diesen Punkt zu kommen:
Ich hatte bisher eine Installation händisch gemacht, ohne PoL, in ein eigenes, 64bit-Prefix. Die hatte ich mir ja irgendwie zerschossen. Also habe ich PoL installiert, dort wine 2.11-staging installiert, und von Hand in einem frischen 32Bit-Prefix BattleNet installiert. Über die Treiberverwaltung (proprietäre Treiber) in Ubuntu habe ich nvidia 375.66 installiert und BattleNet aus PoL heraus gestartet. Weil mir das Herunterladen zu lange gedauert hab, hab ich dann nur rein den "World of Warcraft" aus dem alten ~/.wine-wow Prefix ins neue .Playonlinux..... Prefix kopiert und dann die Config.wft umbenannt, damit wieder eine neue erstellt wird. In PoL hab ich noch d3dx11 installiert und mehr nicht (soweit ich mich jetzt grade erinnere). Hoffe, das hilft dir so weiter.