Das folgende ist mit Vorsicht zu genießen, da ich Deja-Dup und seine Arbeitsweise nicht kenne. Ich könnte also vollkommen daneben liegen und die Meldung hat vielleicht einen anderen Ursprung als ich das hier vermute:
.cache ist eigentlich ein Verzeichnis für eine Art "Zwischenablage". Ähnlich wie ein tmp-Verzeichnis. Daten hier drin ändern sich häufig. Das kann schon mal dazu führen, dass eine Datei zu Beginn des Backups vorhanden war, zum ende aber nicht mehr, oder sich während des Backups geändert hat. Im Ergebnis ist das Backup, zumindest was diese Datei betrifft, also nicht konsistent. Wenn Deja-Dup nach vollendetem Backup dann eine Konsistenz-Prüfung macht (was keine schlechte Idee ist), wird es hier auf eine Inkonsistenz stoßen und einen Fehler melden.
Das zur möglichen Ursache.
Sollte das tatsächlich die Ursache sein, wäre mein Rat, das .cache Verzeichnis vom Backup aus zu schließen. Aus dem einfachen Grund, dass es 1. prädestiniert für derartige Fehler ist und 2. eigentlich keine wirklich relevanten Daten enthalten sollte. Man kann also gut auf den Inhalt des Verzeichnisses verzichten.