Ich wüsste gerade nicht, dass man den Scanbereich festlegen kann. Wie auch Simple Scan wird einfach immer die volle Auflagefläche gescannt und man kann im Nachhinein dann die Auswahl treffen, was davon als Bild exportiert werden soll. XSane, scanimage
und gscan2pdf können direkt den Scanbereich festlegen. Was allerdings auch immer abhängig von der Qualität der gerade vorhandenen Treiberunterstützung ist.
Aber nur um unten 850x330 px abzuschneiden braucht man nicht gleich die Software wechseln. Die Scans mit Stapelverarbeitung zuzuschneiden ist kein Hexenwerk - siehe bspw. ImageMagick, ExactImage und für dich vielleicht am interessantesten Phatch.
GIMP kann über die Erweiterung DBP (David's Batch Processor, gimp-plugin-registry (universe)) übrigens auch Stapelverarbeitung. Wäre aber für dieses Vorhaben das letztes Mittel meiner Wahl.