H1bakusha
Anmeldungsdatum: 26. April 2005
Beiträge: 488
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Ich habe mal eine kleinen Artikel zu PyMOL verfasst, da ich das Programm doch eigentlich Täglich benutze und es keinen Wikieintrag gab Baustelle/PyMOL kann mal jemand drübersehen? Ich weiss das bei Konfiguration nicht viel steht, jedoch sind die Einstellungen einfach viel zu komplex um sie hier aufzuführen. Evtl gebe ich noch ein zwei Besispiele wie man ein raytracing Bild erstellt
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cornix
Anmeldungsdatum: 9. März 2007
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Hallo! Ein paar Tippfehler habe ich eingesammelt und ein paar Formulierungen geändert. Die Installation des Programms und grundlegende Bedienungs- und Konfigurationshinweise sind auch drin... schick, schick. ☺ Gruß, cornix
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H1bakusha
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 26. April 2005
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So hab noch ne kleine Anleitung zum erstellen eines Raytracing bildes angefügt um mal paar möglichkeiten von PyMol anhand eines Beispieles zu erläutern. wenns nicht wirklich von Interesse ist kanns auch wieder rausfliegen Sollte evtl auch mal jemand drüberlesen wegen der Schlechtreibfehler. von mir aus ist der Beitrag jetzt fertig
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Chrissss
Anmeldungsdatum: 31. August 2005
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Ich hab den Screenhot noch unter die Toc gesetzt. Sieht imho immer besser aus.
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H1bakusha
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 26. April 2005
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joa wenn du das sagst, drum schlagen will ich mich jetzt nicht 😉
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cornix
Anmeldungsdatum: 9. März 2007
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Der Screenshot unter dem Inhaltsverzeichnis ist bei meiner niedrigen Auflösung auch freundlicher, das Raytracing-Beispiel gefällt mir allerdings noch besser. 8) H1bakusha, sag Bescheid, wenn Du ferig bist, wie ich sehe, arbeitest du noch dran. Gute Nacht, cornix P.S.: Die Einleitung etwas ausführlicher, fände ich gut: für wen ist das Programm interessant? (Bio/Chemie ab 9. Schuljahr bis zum Biochemischen-Informatik Prof.?)
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H1bakusha
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 26. April 2005
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setze mich morgen nochmal drann, naja ich benutze es im Studium für Präsentationen und Publicationen. Ich lass mir was einfallen
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H1bakusha
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 26. April 2005
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Habe die Einleitung noch ein wenig ergänzt. Der Artikel sollte nun soweit fertig sein.
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H1bakusha
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ok noch aus langeweile ein Beispiel zum erstellen eines Videos hinzugefügt
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cornix
Anmeldungsdatum: 9. März 2007
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H1bakusha hat geschrieben: ok noch aus langeweile ein Beispiel zum erstellen eines Videos hinzugefügt
Bei der nächsten Langeweile-Attacke kannst du ja mal eMovie (Plugin für pyMOL) ausprobieren. Installation "quick and dirty" 1. eMovie.py herunterladen im Homeverzeichnis speichern, 2. "sudo pymol" ausführen 3. Menüleiste: "Plugin → Install Plugin..." 4. pymol beenden 5. pymol normal starten.
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H1bakusha
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ja kenn ich schon, macht aber ja nix sich mal mit der kommandozeile vertraut zu machen. Aber es ist eine gute idee im Artikel auf plugins hinzuweisen
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cornix
Anmeldungsdatum: 9. März 2007
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Machst du die Plugins noch rein? Der Ordner in dem die Plugins gespeichert werden ist unter Ubuntu:
/var/lib/python-support/python2.5/pmg_tk/startup Mit dem vorinstallierten "PDB Loader Service" ist das Herunterladen der PDB-Dateien schneller zu bewerkstelligen, als über Webseiten - denke ich. Jahrelang haben Biologie-Lehrkräfte vergeblich versucht, mich für Molekularbiologie zu interessieren... tja, die kannten wohl pyMOL nicht. ☺
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H1bakusha
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 26. April 2005
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hab nen kleinen Satz dazu geschrieben und nen link auf die offizielle plugin seite gemacht. Ja ich verwende ja den PDB loader Service auch im Beispiel. Allerdings mus der PDB-Code ja auch bekannt sein und den erfährt man ja eh erst über die Webseite. Ausserdem ist es schon praktisch die Dinger auf Platte zu haben, vor allem wenn man noch Veränderungen vornimmt. Pymol ist schon was feines zum Stöbern. Es gibt schon ganz schön verrückte Proteine ☺
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cornix
Anmeldungsdatum: 9. März 2007
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Damit sollte der Artikel dann auch soweit fertig sein, dass er ins Wiki kann und ich verschiebe (sofern kein Widerspruch kommt) binnen der üblichen zwei bis drei Tage (also heute abend oder morgen ☺ ). Dann kommt auch ein Eintrag unter "Naturwissenschaften" auf der Übersichtsseite Bildung und Wissenschaft, ich denke dabei an sowas wie:
... bessere Formulierungen sind natürlich willkommen. H1bakusha hat geschrieben: Pymol ist schon was feines zum Stöbern. Es gibt schon ganz schön verrückte Proteine
Jepp - außerdem weiß ich jetzt, wie so mancher Bildschirmschoner entstanden ist. 😉
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H1bakusha
(Themenstarter)
Anmeldungsdatum: 26. April 2005
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ja die Verlinkung von Bildung & Wissenschaft mach ich dann wenn es aus der Baustelle raus ist. Danke für deine Hilfe
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