Hallo und willkommen freeubuntu!
Wahrscheinlich liegt die doppelte Anzeige daran, dass in der Starterdatei von Atom – das ist die Datei /usr/share/applications/atom.desktop – in der Zeile Categories= zu viele Kategorien eingetragen sind.
Hinweis: .desktop-dateien (Wiki)
Das kann man ändern. Dazu kopiert man sich sinnvollerweise diese Datei aus dem geschützten Ordner usr/share/applications in den eigenen Ordner /home/DEINNAME/.local/share/applications und ändert sie dort. Solange die Kopie denselben Namen hat wie das Original, wird sie dann vom System genommen anstelle der unveränderten Originaldatei.
Also (Vorgehen für das Terminal dargestellt):
Öffne ein Terminal mit
Strg +
Alt +
T
Kopiere dir die Datei:
cp /usr/share/applications/atom.desktop /home/$USER/.local/share/applications/atom.desktop
Die kannst du jetzt mit einem beliebigen Editor (z.B. Atom ☺ ) öffnen und bearbeiten.
Hinweis: Der Ordner .local ist ein „versteckter“ solcher. Im Dateimanager musst du also die Anzeige der versteckten Dateien aktivieren um ihn zu finden. Aber du kannst auch einfach im Terminal weiterarbeiten und die Datei mit dem dort vorhandenen Editor anpassen:
nano /home/$USER/.local/share/applications/atom.desktop
Hier änderst du die Zeile
Categories=GNOME;GTK;Utility;TextEditor;Development;
so, dass nur eine passende Kategorie übrig bleibt. Mein Vorschlag wäre so:
Categories=Utility;
dann ist Atom nur noch ein „Zubehör“.
Im Editor nano musst du dann noch
Strg +
O (das ist ein Ooh, keine Null) drücken zum Speichern und
Strg +
X zum Beenden. Damit sollte das Problem gelöst sein.
Edit: Ups, dass wir hier gar nicht über Ubuntu schreiben, hatte ich bislang nicht mitbekommen. Vielleicht helfen die Hinweise trotzdem weiter.