Gute Frage, zudem ein verschlüsseltes Private- oder Homeverzeichnis ebenfalls mit dem Anmeldepasswort aufgeschlossen wird.
Ich persönlich würde dagegen einwenden, dass bei Verlust des Benutzerpassworts gleichzeitig auch das Verschlüsselungspasswort kompromittiert ist. Wie stark sich das tatsächlich auswirkt, hängt wie so oft vom Einzelfall ab.
Ein weiterer Punkt ist, dass man bei einer Änderung eines der Passwörter vergessen könnte, auch das andere zu ändern, und dann mindestens verwirrt bis schlimmstenfalls ausgeschlossen ist, weil man gewohnt ist, dass beide Passwörter identisch sind. Letzteres (Ausschließen) dürfte aber nur die wenigsten Fälle betreffen, da man ja das alte Passwort immer noch wissen dürfte. Ein potentieller Fallstrick ist es aber allemal.
Grundsätze haben ja durchaus Ihre Gründe, daher würde ich ihnen (auch) in diesem Fall lieber folgen, zudem identische Passwörter die zweifache Eingabe beim Systemstart nicht viel weniger mühsam machen.
edit: Wiki-Link eingefügt
edit2: Einen hab ich noch: Dasselbe Passwort kurz hintereinander einzugeben gibt Zaungästen zwei Gelegenheiten statt einer, es einem von den Fingern abzuschauen. Bei zwei unterschiedlichen hätte er/sie ggf. nur unzusammenhängende Teile erspäht.