Hallo zusammen
Ich hoffe ich kann euch erklären, vor welchem Problem ich stehe.
Ich habe ein Gen, das startet im Genom bei der Position 100 Basenpaare und endet bei 150 Basenpaare. Es ist somit 50 Basenpaare gross. Ich habe ein Genome sequenziert und ich habe an der Stelle im Genom von 95 bis 170 ein Loch (Deletion, es liegen keine Basenpaare vor).
Meine Aussage soll sein, x Basenpaare des Gens abgedeckt oder, wie in diesem Fall, nicht abgedeckt sind.
Wenn:
a=100 (Startposition des Gens) b=150 (Endposition des Gens) c=95 (Startposition der Deletion) d=170 (Endposition der Deletion)
dann würde sich ja folgende Abfrage stellen:
wenn c>a dann c=Var1 ansonsten a=Var1
wenn d>b dann b=Var2 ansonsten d=var2
Var2-Var1=x
Das ganze würde ich gerne mit awk realisieren, weil die Zahlen in eine Art Tabelle stehen.
Kann mir da einer helfen? ich komme mit der 2fach "wenn dann" Abfrage nicht zurecht.