Ja, wenn du die ursprüngliche Datei veränderst.
Nein, wenn du die Datei löschst und eine neue Datei mit gleichen Namen anlegst.
Das Problem ist daß man nicht jedem Programm ansehen kann, welches von den beiden es tun würde, wenn du auf Speichern drückst. Daher ist es riskant direkt an Hardlinks herumzuwurschteln. Ein Hardlink ist auch so oder so kein Backup.
Meistens werden Hardlink innerhalb des Backups verwendet. Da hast du z.B. ein wöchentliches Backup der letzten 8 Wochen. Und die Dateien die innerhalb dieser 8 Wochen nicht verändert haben sind eben nur einmal als Hardlink gespeichert und verbrauchen dementsprechend auch nur einmal Speicherplatz... und du hast dementsprechend nur ein Backup dieser Datei.
Das ist ein Hardlink innerhalb der Backupplatte, kein Hardlink des Originals.
Und an Backups macht man nichts (nur lesen, schreiben verboten) so daß dem Hardlink nichts passieren kann.