Pack doch mal die avi-Dateien in einen mkv-container und versuch diese dann mit Avidemux zu bearbeiten. Ansonsten ist wie gesagt losslesscut zum reinen Schneiden eine imho gute Alternative. Die von OTR erstellten Videos sind schon was sehr "spezielles" und das nicht im positiven Sinne.
Avidemux-GTK+ - ich gehe davon aus damit ist das alte Avidemux 2.5.6 gemeint? Bei der neuen, aktuellen Version hat sich der ganze technische Unterbau geändert. 2.5.6 war frame-basierend und damit ideal für MPEG2, h263, xvid usw. Fällt allesamt unter Ältere Formate. Die 2.5.6 hatte jedoch seine Defizite wenn es um das Bearbeiten von modernen Codecs wie sie eben bei HDTV zum Einsatz kommen ging. Dafür braucht es einen sogenannten time-based, zeitbasierenden Videoeditor der auch mit h264, h265 und Konsorten gut umgehen kann. Avidemux 2.7 kann das mittlerweile bestens. Diese beiden grundverschiedenen Ansätze sind halt nicht unter einen Hut zu bringen, aber das kann eumagga0x2a als einer der Hauptentwickler von Avidemux sicher sehr viel besser erklären. Ich hoffe das ich zumindest das Wesentliche richtig wiedergegeben habe...
Die Entwicklung von Avidemux 2.5.6 wurde meines Wissens schon vor einiger Zeit komplett eingestellt. Bei den Distributionen wurde es auch schon aus den Paketquellen genommen. Eine der wenigen Ausnahmen ist das packman-Repo, dort werden sogar noch beide Versionen bereitgestellt. Das ändert imho aber nichts daran das die Zeit von Avidemux 2.5.6 einfach abgelaufen ist. Es bleibt immer noch die Option die alte Version selbst zu bauen, aber das dürfte sich bei aktuellen Distributionen mittlerweile recht schwierig gestalten. Da könnten sich so manche Hürden auftun...
Es gibt auch Alternativen wie OTR-Verwaltung usw., aber wie gut die funktionieren weiß ich leider auch nicht. Allem Anschein nach werden die meisten dieser Programme auch nicht mehr aktiv weiterentwicklelt. Was OTR mit seinen erstellten Aufnahmen zur Verfügung stellt ist halt problembehaftetes Quellmaterial. Eine Möglichkeit wäre es die Dateien neu zu enkodieren und dabei auf Kompatibilität zu aktuellen Geräten und Software zu achten. Es dauert halt länger, die ohnehin sehr bescheidene Ausgangsqualität leidet noch ein wenig mehr, aber dafür kann man diesem Zuge gleich framegenau schneiden.