Grundsätzlich kannst du Linux von allem booten. Voraussetzung ist natürlich, dass dein PC von dem Gerät bootet und dass es für den Card-Reader einen entsprechenden Treiber direkt im Kernel gibt, der früh genug geladen wird und qualitativ hinreichend gut mit dem Gerät funktioniert, sodass das abgespeckte Live-System davon starten kann. Bei vielen USB-SD-Kartenlesern ist das kein Problem, da diese meist als USB-Massenspeicher erkannt werden (Also quasi USB-Stick mit SD-Karten-Einschub) und alle heute relevanten Rechner von USB booten können.
Bei internen SD-Card-Readern, die über PCIe angebunden sind, sieht das aber natürlich gerne auch mal anders aus. Erfahrung gibt es hier aber jedoch wenig mangels Bootfähigkeit vonseiten der Firmware. Beispiel: Ich erinnere mich, dass ich eine meiner ersten Linux-Geh-Versuche seinerzeit auf einem Macbook Pro (Macs booten von allem was man reinstecken kann) mit einer SD-Karte krachend gescheitert sind. Nach meinen letzten Erfahrungen funktioniert der Card-Reader auch nicht in von USB gestarteten Live-Systemen, in installierten Systemen jedoch allemal.
Zusammenfassung: SD-Karten sind keine zuverlässigen Installationsmedien für Linux. Für Windows allerdings wohl auch nicht.