Na, wenn ich Strg+D eingebe, kappe ich ja nicht nur die Verbindung, sondern melde mich ab; und dazu schrieb mir weiter oben jemand, dass damit auch die von mir gestarteten Prozesse beendet werden. Das leuchtet mir ein, aber durch die Funktionalität von VBoxHeadless ist nun auch erklärbar, warum meine VMs trotzdem weiterlaufen.
Mein verbleibendes Problem habe ich im anderen Thread https://forum.ubuntuusers.de/topic/howto-den-cronjobs-mein-environment-spendieren/ beschrieben.