Hallo!
Was soll denn später mal drauf? Installation, speziell die Weiterleitung auf den manuellen Teil könnte dir weiterhelfen.
Ich handhabe das meist so, das ich alles auf der SSD belasse, bei Laptop mit Verschlüsselung, beim Desktop-PC normalerweise nicht. Die SSD würde ich dann aufteilen in ein angemessen großes / (root) und ein separates /home. Je nach Anwendungszweck könnte eine weitere Unterteilung sinnvoll sein, wie bei Multiboot entsprechend weitere / Partitionen für andere OS. Bei Ubuntu lohnt sich eine zweite / Partition, damit du parallel die aktuelle Version und später dann die kommende neue installieren kannst, um ein bequemes Wechseln mit Sicherheitsfangnetz zu ermöglichen.
Falls du dir unsicher bist, nutze die Installation mit LVM, da lassen sich nachträglich die Größen einfach anpassen (vergrößern, neue Partitionen, etc. auch im laufenden Betrieb). Der Installer legt da aber ein idiotisches LVM an, welches kaum nutzbar ist. Wäre manuell besser. Ist nach dem ersten Einlesen auch gar nicht mehr so schwer 😉
Die HDD würde ich separat einbinden und als reines Datengrab nutzen. Kommt wie gesagt auf den Verwendungszweck an, was da sinnvoll wäre.