Was wichtiges zuerst: Lubuntu 18.04 (Bionic Beaver) ist längst aus dem Support genommen, Du solltest dringend auf eine aktuelle Version wechseln, vorzugsweise 22.04 (Jammy) als LTS.
Wenn du auf das „neue“ Lubuntu mit LXQt nicht umsteigen willst, empfiehlt sich meiner Meinung nach Xubuntu, damit kommt man als erfahrener LXDE-Nutzer ohne große Probleme klar.
Zu deinen Problem: Wenn sich die Datei auch mit dem Dateimanager (PCManFM, nehme ich an) nicht löschen lässt, dann ist wohl mit der Datei irgend etwas faul. Vermutlich stimmt mit den Rechten etwas nicht.
Tippe mal im Terminal ein:
ls -l "Pfad/zu/der/Datei.epub"
wobei die Anführungsstriche wichtig sind, falls der Buchtitel ein (oder mehrere) Leerzeichen enthalten sollte. Die Anzeige des Terminal bitte hier im Codeblock.