Naja, da hängt was. Diese Meldung kommt, wenn eine Anwendung nicht mehr reagiert. Ich würd mal einen Blick ins Log werfen. Auf GNOME heißt die App dafür „Protokolle“.
Die Meldung an sich deutet ja nicht auf einen Fehler hin, sondern nur dass das Programm länger für den Start benötigt als das Betriebssystem erwartet. Was passiert denn, wenn du „warten“ klickst? Kommt das Programm noch hoch? Vielleicht ist der Rechner nur etwas betagt(?).
(Ggf. kann man den Wert für die erwartete Zeit erhöhen. Hatten wir vor ein paar Tagen.)