Bei einem sftp-Zugriff auf den Server ginge vielleicht chroot? Und die Verzeichnisse auf die Zugriff benötigt wird mit mount --bind in das sftp-Homeverzeichnis hängen?
Allerdings habe ich da keine wirkliche Ahnung, sondern nur das hier https://wiki.archlinux.org/index.php/SFTP_chroot#Write_access_to_chroot_dir überflogen ☺ .