Ich habe ebenfalls das Problem, das nach dem einloggen beim normalen Ubuntu nur die Fensterleiste von Nautilus erscheint, nur leider hat bei mir die oben angegebene Problemlösung nicht geholfen. Wenn ich die Befehle eingebe passiert im Grunde nichts. Allerdings habe ich herausgefunden, dass es bei mir irgendwie an Compiz und Unity liegt, weil wenn ich Unity in die Konsole eingebe, stürzt Ubuntu sofort ab und ich muss mich neu einloggen, wenn ich Compiz eingebe bekomme ich irgendeinen Fatal Error ausgespuckt und das eine Ressource zur Zeit nicht verfügbar ist on X server :0
Bevor es bei mir dann geklappt hat, hatte ich den Compiz-Settings Manager deinstalliert und dann nochmals neu installiert. Vielleicht hilft das weiter?
Was bei mir aber geholfen hat und das rate ich Dir auch: mach nach Änderungen einen Neustart. Anscheinend nützt nur das Ab- und Anmelden nichts.