Linux ist flexibel somit ist Software-RAID 1, LUKS, LVM in jeglicher denkbaren Kombination möglich. Inwieweit hier bestimmte Kombinationen vom Ubuntu-Installer abgedeckt werden weiß ich nicht - wenn du es nicht von Hand einrichten willst musst du es halt so nehmen wie der Installer es dir anbietet, aber damit sollte man ja auch leben können...
Für Dualboot mit Windows läßt du ganz normal eine Windows-Partition frei. Wie du dann RAID und Verschlüsselung in Windows bekommst, ist ein Windows-Problem, da kann ich dir nicht weiterhelfen. Aber wenn RAID nicht so wichtig ist für Windows, könntest du die zweite Windows-Partition ja für Spiegelungen verwenden. Zum Beispiel per Cron einmal die Woche. Dann kannst du dir eine langwierige Windows-Neuinstallation nach dem Virus-Malware-Gau sparen indem du einfach die andere noch unbefallene Kopie zurückspiegelst.
Daß du für Backups unter Linux und Windows noch eine andere Lösung brauchst, versteht sich von selbst. ☺