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Ich würde gerne verhindern, dass Skype immer automatisch mit startet. Unter Windows gibt es eine Option im Skype-Menü, wenn ich mich recht erinnere. Unter kubuntu finde ich sie nicht und in der Autostart-Verwaltung taucht auch kein Skype-Eintrag auf.

Es gibt bestimmt noch mehr Orte im System, um einen Autostart zu bewirken!?

Guck mal, ob Skype in einem dieser Verzeichnisse eingetragen ist.

Normalerweise müsstest du mit:

sudo sed ~i 's/NoDisplay=true/NoDisplay=False/g'/etc/xdg/autostart/*.desktop

alle Autostartprogramme anzeigen lassen können. Bei Ubuntu 12.04 LTS ist es jedenfalls so! Vielleicht ist ja dort ein Eintrag!