Hallo Tischa,
Öffnest du JabRef ohne weitere Optionen, werden wie von dir festgestellt die letzten Dateien mit geöffnet. Um das komplett zu unterbinden, kannst du die Option -b
verwenden.
Wenn ich dich richtig verstehe, möchtest du einem Icon eine bestimmte Quelldatei zum Öffnen mitgeben.
Dazu musst du dich zunächst für eine Befehlszeile entscheiden (die du im Terminal testen solltest):
jabref /pfad/zum/Dokument
Das öffnet Jabref mit einer vorgegebenen Datei. Leider werden dabei auch die zuletzt geöffneten Dokumente mit geöffnet. Um das zu umgehen, kannst du in JabRef die Option "JabRef" → "Preferences" → "File" → "Open last edited databases on startup" deaktivieren.
Die funktionierende Befehlszeile trägst du dann in einer eigenen .desktop-Datei ein:
[Desktop Entry]
Name=JabRef
Exec=jabref /pfad/zum/Dokument
Icon=/opt/JabRef/JabRef-icon-32.png
Terminal=false
Type=Application
StartupNotify=false
Name[de_DE]=JabRef Dokument1
Dabei solltest du Dokument1
durch etwas aussagekräftiges ersetzen.
Viele Grüße
Vej