Für JA2 versuch es mit Stracciatella. Das ist eine Portierung der Engine auf SDL und läuft native unter Linux. Es gibt immerwieder den mehr oder weniger erfolgreichen Ansatz eine Engine zu portieren. Genaue Informationen dazu müsstest du einfach selber im Netz suchen.
Für DOS-Spiele allgemein entweder DOSEmu oder DOSBox (beides in den Paketquellen), wobei ich zweiteres eher empfehlen würde. Für DOS-Spiele, die mit SCUMM entwickelt wurden, ist ScummVM (ebenfalls in den Paketquellen) die komfortabelste Lösung. Das betrifft vorwiegend die Lucas-Arts-Adventure, wie auch einige weitere Klassiker aus dem Genre. Für Adventure von Sierra, die mit dem SCI entwickelt wurden gibt es ebenfalls eigene Emulatoren, wie z.B. FreeSCI. Wobei ich persönlich dazu tendiere diese Spiele ebenfalls unter DOSBox laufen zu lassen.
Für Windows-Spiele unter Linux wird in der Regel Wine empfohlen, aber wie du vielleicht selber schon feststellen musstest, ist eine Kompatibilität damit - wie ich finde - zu selten gegeben. Die einfachste und erfolgreichste Lösung - insbesondere wenn keine 3D-Beschleunigung benötigt wird - ist wohl die Installation einer Windows-Version (Win98SE oder WinXP) in einer virtuellen Maschine wie VBox. Da die älteren Windows-Spiele keine hohen Systemanforderungen haben, sollte diese Variante eigentlich auf den meisten halbwegs aktuellen Rechnern funktionieren.
Optional könnte man in einer VM auch DOS bzw. FreeDOS für DOS-Spiele installieren. Wie weit das erfolgreich ist, weiss ich allerdings nicht, weil ich diesen Weg bislang noch nicht gegangen bin.
Dann mal viel Erfolg.