das hängt von Deinen Ressourcen und Einstellungen ab. Bei einer entsprechend kleinen root-Partition (50.. 70.. 100GB) kann es sinnvoll sein ein komplettes Partitionsimage zu erstellen. Hast Du Dir mal die Optionen im "Laufwerks-Tool" (gnome-disk-utility) angesehen? Da gibt es bei der Partition die Option ein "image" davon zu erstellen (sowohl von der verschlüsselten, als auch der entschlüsselten) und so ein "image" in einer Datei zu speichern und diese dann auch ein-zu-hängen. Ähnliches geht auch mit anderen tools. Eine Sicherung per z.B. tar ist natürlich platzsparender, verlangt aber, dass die Partition entschlüsselt ist, damit die eingeschaltete Kompression, gerade bei textähnlichen Dateien, so richtig zum Tragen kommt (und natürlich werden unbelegte Partitonssektoren ebenfalls nicht gesichert).
Wenn Du kannst, dann lege Dir eine kleine Partition an und spiele einfach mal mit den verschiedenen Möglichkeiten. Je nach den Vorgaben sind teils erhebliche Unterschiede in Geschwindigkeit und Platzbedarf für die Sicherungen. Wird die verschlüsselte Partition gesichert spielt noch der automatisch damit vorhanden Datenschutz eine Rolle, d.h. hat jemand anderes Zugriff auf so ein backup, dann müsste es erst entschlüsselt werden.
Platz sparen ist übrigens auch bei einer kompletten Partitionssicherung möglich, wenn der unbelegte Datenbereich vorher z.B. mit Nullen vollgeschrieben wurde. Wird das image (z.B. per dd Befehl) komprimiert, dann lassen sich solche Sektoren sehr klein speichern. Ich habe dann z.B. bei einer 50GB Partition mit Komplettinstallation eine Dateigröße von sogar unter 20GB erreicht.