Also ich habe mit clonezilla mal einen Rechner auf einen anderen geclont, die physikalisch komplett woanders waren.
Heißt: clonezilla ISO auf einen kleinen USB Stick "gebrannt", großen USB Stick mitgenommen, an Rechner 1 ran, von dem Stick gebootet, ein Abbild von dem Rechner auf den großen Stick gemacht, dann an den zweiten Rechner ran und dort wieder in clonezilla gebootet und hier das Abbild auf die Platte wiederhergestellt. Ging ohne Probleme und war einfach nur ein klicken durch das Menü, allerdings war das Betriebssystem, was ich kopiert habe nur Linux. Da clonezilla aber die komplette Festplatte klont und somit die Partitionen gleich bleiben sollten, sollte Windows das auch ohne Probleme fressen.
Ein klonen auf eine andere Festplatte im gleichen PC sollte aber auch gehen, kann ich gerade aber nicht testen.
Andere Frage (an die beiden, die hier klonen wollen): benutzt ihr einen Laptop, in den nur eine Platte reinpasst? Ansonsten: was spricht dagegen, beide Platten im Rechner zu lassen, eine für Windows und eine für Linux? Ob ihr in einem bootloader oder im BIOS auswählt, welches OS gestartet werden soll ist ja eigentlich kein Unterschied.