Soweit ich weiß, geht das nicht, da Du in einer profil-Datei nur zwei "root=" Variablen setzen kannst. Du hast zwei Möglichkeiten:
1) verschiedene profile-Datien anlegen und dann nacheinander aufrufen (einzige Möglichkeit bei Verzeichnisebenen, die sich stark unterscheiden, z.B. /home/user und /media/music oder so)
2) Das übergeordnete Verzeichnis wählen, (falls das geht) und dann die zu sichernden Unterverzeichnisse explizit angeben und nicht zu sichernde Verzeichnisse ausschließen.
Hier ein Auszug aus einer meiner Profile-Dateien.
# Roots of the synchronization
root = /media/misc
root = /media/extern
# paths to save to exernal HDD
# paths are relative!
path = artwork
path = iso
# Preserve user and group ID
owner = true
group = true
#Some regexps specifying names and paths to ignore
ignore = Name temp.*
ignore = Name *~
ignore = Name .*~
ignore = Name *.tmp