Gut, das ist einzusehen.
Doch dann musst Du ja nicht, wie Du geschrieben hast, "das Windows Home Verzeichnis und die NTFS-Datenpartition freigeben", sondern auf dem Notebook die Verzeichnisse, mit denen der Abgleich erfolgen soll. Wenn Du den Abgleich auf dem Desktop-PC vornimmst, hast Du ja dort Zugriff auf alle lokalen Partitionen und Verzeichnisse.
Zum Datenabgleich eignet sich am besten SSH bzw. SFTP. Das geht ohne besondere Freigaben. Ein graphisches Programm, das damit von Haus aus klar kommt, und das mit gleicher Oberfläche sowohl für Windows als auch für Linux existiert, ist z.B. FreeFileSync.
Wenn Du aber lieber Samba verwenden willst – im lokalen Netzwerk spricht nichts dagegen – dann musst Du auf dem Notebook samba und am besten auch system-config-samba installieren. Der zugriffsberechtigte Benutzer sollte auf dem Windows-PC ein Passwort haben. Für diesen Benutzer legst Du dann auf dem Notebook mittels
sudo smbpasswd -a <Username>
oder mittels system-config-samba einen Samba-Account mit eben diesem Passwort an. Damit sollte dann der Zugriff vom Windows-PC aus funktionieren. Wenn Du dann dort einen Netzwerk-Ordner einrichtest, sollte Dein Synchronisationsprogramm (z.B. eben FreeFileSync) damit eigentlich auch klarkommen. Auf einem Win-PC ausprobiert habe ich das allerdings nicht.
FreeFileSync für Windows siehe z.B. https://www.heise.de/download/product/freefilesync-88176
Gruß – Max-Ulrich
EDIT:
Oder habe ich Dich falsch verstanden? Meintest Du vielleicht "das Windows-Heimverzeichnis und die NTFS-Datenpartition" auf dem Notebook? Mit Samba kann die Freigabe von NTFS-Partitionen unter Linux u.U. nicht ganz trivial sein. Dazu müsstest Du dann am besten erst die Artikel NTFS-3G und Windows-Partitionen einbinden studieren.