Es ist eigentlich ein Grundprinzip von Ubuntu, dass die Software innerhalb eines Releases nicht in Bezug auf ihre Versionen aktualisiert werden, sondern lediglich Updates bereitgestellt werden, um Sicherheitslücken zu beheben.
Im Wesentlichen hängt es davon ab, welches Ubuntu Release du benutzt und wie sehr du Features der neuen Eclipse Version tatsächlich benötigst. Das gilt nicht nur für Eclipse, sondern grundsätzlich für alle Software. Solange du mit deiner bisherigen Version von Eclipse alles machen kannst, was du machen musst oder willst, gibt es eigentlich kein zwingenden Grund, die Software zu aktualisieren.
Eine händische Installation (jeglicher Software) würde ich so lange es eben geht, vermeiden. Das bedeutet nämlich nicht nur Mehraufwand, sondern heißt auch, dass du dich um die Aktualität - insbesondere bei Auftreten von Sicherheitslücken - selbst kümmern musst.
Außerdem weiß ich nicht, welches Release von Ubuntu du verwendest. Bei edgy (Ubuntu 6.10) ist zu mindestens Eclipse 3.2.1 vorhanden. Oder war in deiner Versionsangabe nur ein Zahlendreher? Solltest du ein älteres Release verwenden, kannst du ggf. ein Upgrade des gesamten Releases in Erwägung ziehen. Ob das aber wirklich notwendig ist, ist eine andere Frage.
Jochen