Hallo zusammen,
Ich möchte mir ein Skript schreiben, dass nachfolgende Fähigkeiten beherrscht, bin mir aber noch unsicher, was die eleganteste Lösung für das Problem ist. Ich bin recht vertraut mit R, kann ein wenig Pearl, aber würde aber auch nicht dafür zurückschrecken, mich mit Python oder Bash Skripting beschäftigen, wenn ihr mir dazu raten solltet.
In einer .pdb Datei - das ist eine einfache Textdatei mit einem Header gefolgt von so was hier:
ATOM 18 CB SER 3 48.232 3.600 36.915 1.00 43.44 C ATOM 19 OG SER 3 48.798 3.526 38.212 1.00 43.44 O ATOM 20 N GLU 5 49.895 5.907 35.625 1.00 64.75 N ATOM 21 CA GLU 5 50.247 7.218 36.143 1.00 64.75 C ATOM 22 C GLU 5 48.921 7.955 36.434 1.00 64.75 C
soll das Skript Fehler zu finden und bestmöglich beheben.
Dazu soll es automatisch fehlende Zahlen in der Spalte 5 finden (hier im Beispiel fehlt die 4) und an dieser Stelle eine zusätzliche Zeile einfügen:
ATOM [Wert wie Zeile darunter] GLY [FEHLENDE NUMMER] [Mittelwert aus Wert darüber und darunter] ["] ["] 1.00 [Mittelwert aus Wert darüber und darunter] C
Lässt sich so etwas noch vernünftig mit Bash-Skripting machen ? awk kann ja wohl so ähnliche Sachen, auch wenn ich mich damit noch nie beschäftigt habe. Falls nein, welche Interpretersprache wäre eure Wahl ?
Viele Grüße und Danke fürs Lesen und eventuell Eure Antworten
Matthias
