Nach fast jedem Mono Update gibt es ja irgendein neues Problem mit mkbundle oder den mit mkbundle (früher) erzeugten Programmen.
Nach dem letzten Update startete bei mir kein altes Programm mehr.
Auf Bugzilla gab es den Tipp '--cross' zu verwenden.
Hier eine Lösung, die bei mir funktioniert.
mkbundle --list-targets
ergibt bei mir
Available targets locally: default - Current System Mono 4.8.0-linux-libc2.12-i386.zip Targets available for download with --fetch-target: 4.8.0-linux-libc2.12-amd64.zip 4.8.0-linux-libc2.12-armel.zip 4.8.0-linux-libc2.12-armhf.zip 4.8.0-linux-libc2.12-i386.zip 4.8.0-linux-libc2.17-arm64.zip 4.8.0-linux-libc2.17-ppc64el.zip 4.8.0-macos-10.7-amd64.zip 4.8.0-macos-10.7-i386.zip
dann die benötigte Version herunterladen, z.B.
mkbundle --fetch-target 4.8.0-linux-libc2.12-i386.zip
(wird automatisch in /home/username/.mono/targets/ gespeichert)
und bei mkbundle '--cross' verwenden, z.B.
mkbundle -o /pfad/programmname /pfad/programmname.exe --deps --cross 4.8.0-linux-libc2.12-i386.zip