Deine persönlichen Einstellungen befinden sich größtenteils in versteckten Dateien (die mit dem Punkt voran) in deinem persönlichen Verzeichnis. Sofern /home auf einer separaten Partition liegt und während der Installation nicht formatiert wird, bleiben diese weitgehend erhalten. Aber garantieren kann dir das niemand, da es ja theoretisch sein könnte, das sich das Format dieser Dateien geändert hat. Ich habe aber seit Ubuntu 4.10 noch nie Probleme damit gehabt.
Das kann dan soweit führen, das in den Menüs Programme auftauchen, die du noch gar nicht installiert hast.
Da ich aber bei meiner Freundin diesen 'Übernehmen?'-Dialog kennengelernt habe, ...
Sowas hatte ich nur einmal vor längerer Zeit gesehen. Soweit ich mich erinnere betraf das einen User, der noch nicht existierte, dessen Home aber schon vorhanden war. Da wurde ich dann gefragt, ob ich dieses übernehmen wolle. Ich kann mich jetzt aber nicht erinnern ob das bei Ubuntu, Suse oder Kanotix war. Kann auch sein, das es ein nachträglich, also nach der Installation, eingerichteter User war.
Alles worauf du achten must ist das dein /home auf einer separaten Partition liegt und nicht formatiert wird und das die /home Partition während der Installation auch als /home eingebunden wird. Wie man da bei der desktop Version vorgehen muss, kann ich leider nicht sagen, da ich grundsätzlich immer die alternate Version verwende.