ubuntuusers.de

Hallo zusammen,

ich bin gerade dabei mich mit Ubuntu und Linux auseinanderzusetzen, da ich für meine Arbeit viele Programme benötige, die teilweise nur unter Linux laufen. Ich verwende folgende Ubuntu-Version:

Distributor ID:	Ubuntu
Description:	Ubuntu 16.04.2 LTS
Release:	16.04
Codename:	xenial

Ich habe vor zwei Wochen Fiji von der entsprechenden Webpage heruntergeladen und es lief von Anfang an sehr gut. Seit gestern nicht mehr. Beim Öffnen über die grafische Oberfläche, erscheint kurz das Icon von Fiji und verschwindet sofort wieder. Um mehr Informationen zu erhalten, habe ich das Programm mal aus dem Terminal gestartet und folgendes erhalten:

Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM warning: ignoring option PermSize=128m; support was removed in 8.0
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM warning: Using incremental CMS is deprecated and will likely be removed in a future release
Speicherzugriffsfehler (Speicherabzug geschrieben)

Mir scheint es so, dass es evtl. ein Problem mit Java gibt, aber ich meine Erfahrung in solchen Sachen ist sehr begrenzt. Wenn dort stehen würde, dass irgendeine Bibliothek fehlt oder keine Ahnung was, hätte ich vermutlich schon irgendetwas im Forum gefunden. Ich habe Ubuntu selbst neu gestartet, Fiji nochmal herunter geschmissen und erneut heruntergeladen. Der Fehler ist derselbe. Da ich nicht weiß, ob es an Fiji oder vielleicht sogar an meinem System liegt, frage ich einfach mal. Ansonsten würde ich mich an die Leute von Fiji selbst wenden.

Vielen Dank schon mal!

Gruß

Welche Version von Fiji hast du genommen? Die mit Java-Laufzeitumgebung oder die ohne (NoJRE)?

Welche Java-Version läuft bei dir?

java -version 

Irgendwo müsste die Anwendung Konfigurationsdateien im Homeverzeichnis ablegen. Kann mich gerade nicht erinnern ... ~/.imagej? ~/.config/imagej? Verzeichnis suchen und testweise umbenennen, damit das Programm mit einer frischen Konfiguration startet.

Bist du auf bestimmte Plugins oder Skripte aus der Fiji-Distribution angewiesen? Notfalls liegt ImageJ (also die Grundversion der Anwendung) auch in den offiziellen Paketquellen im Paket imagej (universe). Vielleicht kannst du dir damit vorübergehend behelfen.

Leider sind Speicherzugriffsfehler (Segmentation Faults) immer wenig aussagekräftig. Tatsache ist, dass ImageJ und damit auch Fiji wohl noch an der vollständigen Kompatibilität zu Java 8 arbeiten (und mit Java 9 noch gar nicht kompatibel sind).

Hallöchen,

schon mal vielen Dank für die schnelle Rückmeldung. Mir ging es mit dem Begriff "Speicherzugriffsfehler" wie dir ☺. Ich sitze gerade nicht an meinem Arbeitsrechner (Wochenende 😉 ), daher kann ich nicht direkt in mein System reinschauen. Aber ich habe sozusagen den obersten Download Link von dieser Seite genommen und zwar die 64-bit Version für Linux.

https://imagej.net/Fiji/Downloads

Ich bin mir nicht sicher, ob ich dich da richtig verstehe. Wenn du "mit Java-Laufzeitumgebung" meinst, dass man das entsprechende Java quasi mitnimmt, dann habe ich laut Download-Seite die Version Java-Laufzeitumgebung für Java 8. Mehr Version-Infos finde ich da im Moment auch nicht.

Welche Java-Version sonst bei mir läuft, müsste ich am Montag schauen (Danke für den Befehl, die sitzen bei mir noch nicht ganz 😉 ). Kann sein, dass ich Java gar nicht auf meinem System habe, es sei denn es wird bei Ubuntu 16.04 LTS automatisch mitinstalliert.

Grundsätzlich kann ich Fiji auch auf meiner Windows-Partition starten und für die Dinge, die momentan dran sind, geht das noch. Aber mit einem Dual-Boot-System ist das auf Dauer etwas umständlich. Und ja, ich benötige so einige Plugins ☺. Ich habe auch schon mal versucht, die Windows-Version via wine zu starten. Das führte aber zu demselben Problem.

Was ich noch nicht versucht habe, ist eine frühere Version von Fiji herunterzuladen. Da gibt's ja noch einige auf der Seite zum Download. Das werde ich am Montag nochmal versuchen und mich dann nochmal melden inklusive der Java-Version.

Vielen Dank nochmal

Ich kann den Speicherzugriffsfehler auf Debian 9 bestätigen; aktuelle Version und Life Line von 2017-05-30 (Java 8) und 2015-12-22 (Java 6). Siehe Issue #170 🇬🇧 und den zugehörigen Thread 🇬🇧 im ImageJ-Forum.

Scheint sich damit lösen zu lassen, dass man das Programm mit folgendem Aufruf startet:

./ImageJ-linux64 --system 

Trage das gleich mal unter Problembehebung im Wiki-Artikel Fiji (Abschnitt „Speicherzugriffsfehler“) nach.

Dann probiere ich das am Montag mal aus.

Ich melde mich!

Gruß

Hallöchen,

nun melde ich mich, wie versprochen. Das Programm hat über diesen Weg tatsächlich gestartet und arbeitet wie gewohnt. Ich habe im Terminal noch folgendes erhalten:

Warning: falling back to system Java OpenJDK 64-Bit Server VM warning: ignoring option PermSize=128m; support was removed in 8.0 OpenJDK 64-Bit Server VM warning: Using incremental CMS is deprecated and will likely be removed in a future release

Die unteren Zeilen sind in ähnlicher Art dieselben wie zuvor. Mich wundert es allerdings ein wenig, warum es über diesen Weg funktioniert.

Bedeutet die --system flag, dass die App auf das Java vom System zurückgreift?

Grüße und vielen Dank für die Hilfe.

Flamekeeper schrieb:

Bedeutet die --system flag, dass die App auf das Java vom System zurückgreift?

Genau das bedeutet es und die einfachste Lösung wäre wohl gewesen, dass man die NoJRE-Version nimmt, die das ja sowie so tut. Nur, die rannte bei mir ebenfalls in einen SegFault.

Tatsächlich ist - oder sagen wir besser war - das Problem eigentlich darin zu suchen, dass Fiji beim Start explizit den Pfad zu Java haben wollte. Man konnte also auch die mitlieferte im Bundle angeben statt auf die systemeigene zu verweisen.

Jetzt sitze ich hier aber gerade an einem Xubuntu 16.04 und wollte das mal eben™ nochmal gegenprüfen, damit ich dir keinen Quatsch erzähle. Fiji mit und ohne Java frisch heruntergeladen und … eh … läuft wieder ohne Workaround 😲

Scheiße, dass ist anscheinend ein Problem mit Kernel-Versionen nach 4.4.0-79. Die Kiste hier läuft nicht so oft und war nicht auf dem aktuellen Stand. Mit Kernel 4.4.0-81 kriege ich wieder die SegFaults und muss --system angeben.