Hallo Andreas,
bekannt sind mir zwei Möglichkeiten:
1) Über Software
Software starten
Installiert wählen (die mittlere der drei Schaltflächen)
Das Häkchen rechts oben wählen
Alle Anwendungen auswählen, die in eine Gruppe sollen
Für eine neue Gruppe die Schaltfläche ganz links unten wählen (Zu Ordner hinzufügen...)
In dem Fenster auf die Schaltfläche "+" drücken
Ordnernamen angeben (z.B. Spiele) und "Hinzufügen" wählen
Über Methode 1) kannst Du allerdings keine eigenen Starter einer Gruppe hinzufügen. Hierfür brauchst Du dConf.
2) Über dConf
Der dConf-Editor sollte in der Gruppe "Verschiedenes" zu finden sein. Im Schlüssel org/gnome/desktop/app-folders/folder-children sind die Ordner eingetragen. Unterhalb von org/gnome/desktop/app-folders/folders werden den Ordnern dann die Starter zugeordnet. Theoretisch können die Änderungen direkt im dConf-Editor vorgenommen werden. Allerdings kann man mit dem Editor keine neuen Schlüssel hinzufügen. Das musst Du mit gsettings auf der Konsole machen (siehe GNOME Konfiguration/dconf (Abschnitt „Kommandozeile“) oder https://wiki.gnome.org/HowDoI/AppFolders).
Edit: Jonius war schneller ☺